L'obiettivo della digestione è quello di rompere i legami che tengono insieme i polipeptidi e di convertirli in molecole più semplici (come acqua, anidride carbonica e solfato di ammonio).
Queste reazioni possono essere accelerate dalla temperatura utilizzata durante la digestione Kjeldahl (più alta è la temperatura utilizzata, più veloce è la digestione) e dalla presenza di acido, sale e catalizzatori (selenio, rame, titanio). I vapori che fuoriescono dai tubi vengono aspirati attraverso il tappo di aspirazione da una pompa a vuoto ad acqua di ricircolo JP ed eliminati in uno scrubber SMS.
Questa configurazione ottimizza l'efficienza dell'operazione. Evitare l'uso di digestori Kjeldahl senza sistema di scarico: questo accorcerà drasticamente la sua vita e potrebbe causare danni costosi.
Il processo di mineralizzazione è la fase più lunga dell'analisi.